Foi sob chuva forte no Twin Ring Motegi que Andrea Dovizioso (Ducati Team) e Marc Márquez (Repsol Honda Team) levaram a cabo um dos maiores duelos da história do MotoGP. Os pilotos deram tudo até à última curva da última volta e, apesar dos melhores esforços do Campeão do Mundo, a glória acabou por ficar para Dovizioso, que assinou a quinta vitória da época, sétima da carreira, e uma das mais espetaculares da história.

Contudo, no início da corrida, foi Márquez quem dominou. O espanhol, que acabou por conquistar o 100º pódio da carreira com a segunda posição, assumiu a liderança após a partida com Jorge Lorenzo (Ducati Team) a não tardar a surgir em segundo e passar depois para a frente. Márquez passou então a ser seguido por Danilo Petrucci (Octo Pramac Racing) e Johann Zarco (Monster Yamaha Tech 3) e com Dovizioso a iniciar impressionante recuperação desde trás. Foi então teve início animada luta na frente, com Petrucci a assumir a liderança à frente de Márquez e Dovi.

A 12 voltas do final Márquez passou para a liderança seguido de imediato por Dovizioso, com ambos a isolarem-se na frente. Seis voltas volvidas o italiano atacou na Curva 6 e Márquez respondeu três voltas depois na Curva 3, acendendo o rastilho para um final emocionante.

Ao cair do pano Márquez bem que tentou fechar a porta, mas sem sorte. Dovizioso passou para a frente e ao vencer reduziu a diferença para o líder do Campeonato para 11 pontos. Atrás de Márquez, a fechar o pódio, ficou Petrucci, com a dupla da Team Suzuki Ecstar, Andrea Iannone e Alex Rins, a completar o Top 5. Lorenzo, Aleix Espargaró (Aprilia Racing Team Gresini), Johann Zarco (Monster Yamaha Tech 3), Maverick Viñales (Movistar Yamaha MotoGP) e Loris Baz (Reale Avintia Racing) a fecharem a lista dos dez primeiros.